神經內科的疾病種類繁多，最常見的是腦血管病，占所有神經內科門診和住院病人總數60%以上。腦血管病主要包括腦出血和腦梗死，腦出血包括蛛網膜下腔出血、腦室出血以及腦實質內出血。其次常見的是炎癥與免疫性疾病，常見的是中樞神經系統感染，包括病毒性腦膜炎、病毒性腦炎，結核性腦膜炎，還有比較少見的螺旋體感染，比如梅毒螺旋體性腦炎，以及艾滋病腦炎，還有朊蛋白病，以及隱球菌腦膜炎等。
免疫性腦炎最常見與自身免疫性腦炎、副腫瘤綜合征導致的邊緣葉腦炎等。還有變性疾病，最常見的是老年癡呆，學名阿爾茨海默病，還有帕金森病，包括運動神經元病，最常見的是群眾熟知的漸凍癥，又稱肌萎縮側索硬化癥。還有癲癇、重癥肌無力、多發性肌炎、進行性肌營養不良，也是神經內科比較常見的疾病。