神經內科主要是檢查神經系統方面的疾病，包括大腦、脊髓以及周圍神經。
大腦的疾病中最常見的是腦血管病，包括腦梗塞、腦出血，也可以查出腦部的其它的疾病，比如脫髓鞘病變、腦萎縮、腦積水、腦炎、腦膜炎以及腦部腫瘤。如果是腦部的腫瘤，常常由神經內科檢查出來之后轉到神經外科繼續治療。
脊髓方面的疾病包括亞急性聯合變性、肌萎縮側索硬化、脊髓炎、脊髓脫髓鞘病變等，周圍神經病變方面包括周圍神經卡壓性疾病，各種原因導致的周圍神經以及末梢神經炎，還有吉蘭巴雷綜合征等。一些肌肉病變也在神經內科檢查，比如進行性肌營養不良、多發性肌炎等。
總之，神經系統的疾病基本上都是在神經內科檢查。